污染是盘式干燥机的一个严重的问题。河水常被用作冷却水，导致生物碎屑进入盘式干燥机与建筑层，降低传热系数。另一个常见的问题是尺度，它是由沉积层的化学物质。

  污染发生时，流体通过热器，和杂质的流体沉淀到管的表面。沉淀这些杂质可引起：
  * 盘式干燥机的频繁使用
  * 不定期清洗盘式干燥机
  * 降低流体的速度穿过热交换器
  * 在盘式干燥机的尺寸

  污染降低了热应转移的横截面积和引起的阻力增加，在盘式干燥机的热转移。这是因为污垢层导热系数低。这降低整体传热系数和热交换器效率。这反过来，可能会导致在抽和维护成本增加。